Tiền thân của Công ty cổ phần Tôn Đông Á là Công ty TNHH Đông Á được thành lập ngày 5 tháng 11 năm 1998. Năm 2004 Công ty chuyển thành Công ty TNHH Tôn Đông Á và năm 2009 thì chuyển đổi từ hình thức công ty TNHH sang công ty cổ phần.

Tòa nhà hành chính của Chi nhánh Công ty tại Thủ Dầu Một

Thừa kế các hoạt động của Công ty TNHH Tôn Đông Á với hình thức cổ phần, Công ty đã có những bước phát triển mạnh mẽ. Các cổ đông của Công ty phần lớn là những người đang làm việc tại Công ty, thường xuyên vun đắp cho sự phát triển của Công ty vừa với vai trò người lao động vừa với vai trò làm chủ.

Hàng năm, với chính sách thực hiện quyền sở hữu cổ phần (Employee Stock Ownership Plan - ESOP) cho nhân viên Công ty cổ phần Tôn Đông Á, Hội đồng quản trị thường xem xét cho phép các nhân viên, các trưởng phòng ban có nhiều đóng góp cho Công ty được mua các cổ phần ưu đãi nhằm làm cho CB-CNV của Công ty càng ngày càng gắn bó với Công ty.